水利自动化灌溉存在的问题主要包括：
设备问题：自动化灌溉系统需要使用各种设备，如传感器、控制器、电磁阀等，这些设备的质量和性能直接影响到灌溉的效果。然而，目前市场上的这些设备质量参差不齐，存在一定的安全隐患。
技术问题：自动化灌溉系统的技术含量较高，需要专业的技术人员进行设计、安装和维护。但是，目前市场上很多公司的技术水平不够，导致系统存在各种问题，如稳定性差、智能化程度低等。
应用问题：自动化灌溉系统的应用范围较广，但是在实际应用中存在一定的问题。例如，在农田灌溉方面，由于土地情况复杂，需要因地制宜地使用自动化灌溉系统，但是很多公司缺乏对土地情况的了解和分析，导致系统的应用效果不佳。
管理问题：自动化灌溉系统的管理和维护也是一项重要的工作。然而，目前很多公司缺乏对系统的管理和维护能力，导致系统的故障率较高，影响了灌溉的效果。
为了解决这些问题，需要加强设备的检测和维护，提高公司的技术水平，加强系统的管理和维护能力。同时，也需要因地制宜地使用自动化灌溉系统，确保系统的应用效果。
